先の大戦で戦没した方々（昭和12年７月以降）の納骨所で、政府により34(1959)年３月、建立されました。
政府の遺骨収集団などが奉還した遺骨のうち、氏名が判明しない方、遺族がわからない方などが納められています。遺骨の大部分は軍人・軍属ですが、同じ戦場にあって犠牲となった一般邦人も含まれています。
政府は、講和条約発効後の昭和28（1953）年以来、毎年、遺族、戦友らの協力を得て、先の大戦の戦場に遺骨収集団を派遣しています。
また、戦後、部隊などが帰還するにあたり奉還した遺骨もあります。
墓苑では毎年５月、政府主催の拝礼式が挙行され、その際、前年度に奉還された遺骨の納骨式が行われます。
墓苑の中心に六角形の納骨堂があり、中央に主要戦場の石を粉砕して作った「陶棺」を安置、中には天皇陛下より下賜された金銅製の「お骨壺」が納められています。
遺骨の一部はお骨壺に納め、大部は地下室を設けて本土周辺、満州（現在の中国東北部）、中国、フィリピン、東南アジア、太平洋・ソ連の６つの戦域別に納骨されています。
墓苑の管理は環境庁ですが、戦没者の慰霊奉賛などは財団法人　千鳥ヶ淵戦没者墓苑奉仕会が行っています。